1.手術治療的原則清除所有炎症和壞死組織。根據不同的部位，用適當的方法確切閉合穿孔;矯正併除去食管穿孔遠側梗阻。當損傷發生在食管梗阻的近段或在梗阻的部位，或當診斷過晚(一般>24小時)，直接修補損傷的食管則是禁忌的。
2.手術方案
(1)頸部穿孔 小的頸部食管穿孔，處理上往往僅需要在穿孔的旁邊放一引流，瘻口即可自己閉合，而不必做進一步手術處理。
(2)胸部穿孔 食管中上段穿孔時可經4、5肋間進胸腔，下段穿孔則經6、7肋間進胸腔，如沒有胸腔汙染，中上段從右側開胸，下段從左側開胸，根據食管破入哪一側胸腔時，則應從哪一側開胸，以便於手術處理。
(3)腹部穿孔 腹部穿孔如果胸腔沒有汙染，手術控查可直接經上腹部正中切口進行。不論穿孔在甚麼部位，顯露食管後，可通過食管內的導管向食管腔內注入亞甲藍或注入氣體來確定穿孔的部位。
3.手術方法
(1)引流 有效的引流是必不可少的，特別在廣泛炎症和全身情況不佳時，必要時應在CT引導下置入引流管。這種方法在頸部穿孔和胸部穿孔患者都有效。
(2)一期縫合 在早期診斷的患者，當有手術適應證時，應行急診手術，縫合修補穿孔的食管。一期閉合最好是在健康的食管組織，當有遠端梗阻時，單純一期閉合是無效的，必須同時解決梗阻。
(3)加固縫合 由於一期縫合食管損傷有裂開和瘻的可能性，特別是當患者從穿孔到治療時已隔了幾個小時，因此有必要採用加固縫合的方法閉合食管穿孔。
(4)同時處理食管疾病 在患者的情況能夠接受手術、病變的食管又可以切除的情況下，最好的處理辦法是手術切除病變的食管。食管切除後，採用一期還是二期消化道再建，需根據汙染的情況和患者的情況決定。
(5)食管外置 食管外置或曠置的手術近年來已很少使用，只有在患者的營養狀況極度不良時，用前述種種方法均不適合或無效的病例，才用頸部食管外置造瘻術或胃造瘻減壓術。
