1.抗錐蟲治療
(1)呋喃西林(硝基呋喃腙)製劑：長程給藥有一定療效。兒童急性期口服劑量每天25mg/kg，連續15天，繼以每天15mg/kg，連續75天，全療程90天。兒童慢性期前15天劑量同上，繼以每天15～18mg/kg，連續105天，全療程120天。由於該藥有胃腸道反應，因而使有的病人難以完成全療程治療。
(2)苯硝唑(benzonidazole)：成人每天5mg/kg，口服，連續60天。該藥與呋喃西林(硝基呋喃腙)製劑均可引起白細胞減少和多發性神經炎，應予注意。
(3)伯氨喹：可明顯降低急性期病人的錐蟲血癥，但不能完全清除之;對慢性期病人無效。
2.抗心律失常治療
(1)室性心律失常：防治嚴重室性心律失常及其所致的死亡是本病重要的治療目標，但往往不易奏效。儘管各種抗心律失常藥已廣泛用於本病，但迄今仍缺少大樣本和設計良好的臨床資料證實哪類藥物可降低猝死，改善預後。有人用電生理檢查對病人進行危險性分層，並指導抗心律失常藥物的選擇，能減少其心律失常的發生，延長生存時間，適用於有症狀的或高度複雜的室性心律失常，或兩者兼有的病人，但目前只有29%的患者採用此法，且有些病人仍不能篩選出有效的藥物，使其臨床應用受到較大限制。對這類病人可能需要採用經驗性藥物治療。胺碘酮是治療本病最有效的抗心律失常藥物，能顯著減少室性心律失常的嚴重性和複雜性，且病人對該藥耐受良好，但該藥或其他抗心律失常藥物能否降低總死亡率目前尚不清楚。 頑固性室性心律失常往往與左心室室壁瘤形成密切相關。如室壁瘤較侷限且左心室功能尚可，則室壁瘤切除術不失為治療室性心律失常的一項有效舉措。
近年來，可植入性心臟復律除顫器(ICD)已用於治療錐蟲病所致的頑固性室性心動過速，少數病例的臨床實踐證實確有療效，其主要適應證為心臟性猝死後的存活者，且其心律失常不能由程序性心室電刺激誘發，也不能為藥物治療所控制。
(2)傳導阻滯的起搏治療：傳導阻滯是本病常見合併症之一，已有相當多的病人植入了永久性心臟起搏器，積累了較豐富的經驗。有症狀的病人，尤其病程長者往往可從起搏治療中獲益。故高度或完全性房室傳導阻滯病人均為永久起搏的適應證。竇房結功能障礙儘管亦很常見，但很少需行起搏治療。
3.充血性心力衰竭的治療：發生充血性心力衰竭者，預後往往不良。心衰症狀明顯者可常規應用利尿藥、血管擴張藥和洋地黃類製劑，但尚無藥物治療心力衰竭可明顯改善本病預後。
關於ACEI治療錐蟲病心力衰竭的效果，有研究表明，晚期錐蟲病性心肌病病人應用卡託普利能降低神經內分泌的活性，減少非致死性心律失常。但該研究病例數較少，僅供參考。亦有研究發現，長期應用此類製劑並不能改善該病預後，這可能是因為此類藥物並不能預防心律失常所致的死亡。目前多數學者認為，ACEI是治療錐蟲性心臟病合併有症狀性充血性心力衰竭的重要和有益的手段，值得提倡和推薦。
4.抗凝治療：本病血栓栓塞合併症的發生率很高，故應長期應用抗凝治療，尤其適用於左心室功能障礙或有左心室室壁瘤者。
5.免疫抑制治療：動物實驗發現，應用免疫抑制藥往往伴有錐蟲血癥的增加和慢性感染症狀的再現。國外對本病早期行心臟移植和動物實驗研究表明，應用免疫抑制藥後儘管多數病人採用了預防性抗錐蟲治療，但仍會導致疾病的再現。此種感染常呈突發性，並伴特徵性的皮膚損害和中樞神經系統病變。在活檢的心內膜心肌標本中常可找到錐蟲。由此可見，雖然本病的心臟損害可能有免疫機制參與，但免疫抑制療法並非是有效和安全的。對於急性再現病例，一般可採用短程呋喃西林(硝基呋喃腙)製劑或苯硝唑治療，反應良好。但由於這些藥物毒性較大，多數專家主張僅用於心內膜心肌活檢或臨床所見錐蟲病再現的心臟移植病人。長期隨訪結果顯示預後尚好，僅少數病人發生B淋巴細胞增殖性疾病或其他惡性腫瘤。
預後：本病的心臟損害呈緩慢持續性發展，歷時可達數10年之久，從亞臨床型心肌炎至輕度室壁節段性異常伴傳導障礙，繼而出現嚴重心室結構異常，直至最終發展為充血性心力衰竭。心律失常和房室傳導阻滯的出現與嚴重程度似乎與預後呈平行關係。但目前尚缺乏長期隨訪資料。
