本病常無自覺症狀，部分病人可出現局部疼痛或瘙癢。偶爾可轉化為鱗狀細胞癌。男性患者的主訴可有瘙癢、外傷摩擦後出血、以及大的疣體繼發感染後有惡臭。
臨床常見的損害有丘疹、角化性斑塊、乳頭樣或菜花樣贅生物，散在或融合，同一患者常有多種表現。顏色從粉紅到灰白色，取決於單個乳頭毛細血管的充盈狀態。大小不等，單個或群集分佈，質地多數較軟且易發生糜爛滲液，觸之易出血。好發部位是冠狀溝、包皮、龜頭、繫帶、尿道口、陰莖體、肛周和陰囊。根部常有蒂，皮損裂縫間常有膿性分泌物鬱積其中，致有惡臭，且每因搔抓而引起繼發感染。由於不斷受到局部潮溼與慢性刺激的作用，往往迅速增長。
由於男性尖銳溼疣血管豐富，容易出血，有些病人往往是由於性生活後或用力後尿血來就診，一般無疼痛等自覺症狀。
尿道內尖銳溼疣通常無症狀，但脆性損害可引起血尿，很大的疣體則會引起尿路梗阻。
發生於肛門部位的尖銳溼疣比較容易和痔瘡混淆，常常多發。初起時為多數丘疹，以後疣體呈贅狀生長，可呈大的有蒂菜花狀，更多見扁平、表面有小乳頭的斑塊狀。由於繼發感染，分泌物常有難聞的臭味。個別病例病變可出現在肛門的粘膜上皮。發生在肛周的，應注意詢問有否同性戀，肛交史。
乳頭樣或菜花樣疣主要發生於潮溼部位，如包皮腔、尿道口和肛周。圓形丘疹疣主要位於乾燥部位，如陰莖幹及有毛的會陰部，顏色可呈膚色或有色素沉著。扁平角化斑塊疣無蒂，表面粗糙，略高於皮面，有程度不一的色素沉著。
巨大尖銳溼疣是尖銳溼疣的一種特殊形態，可以拳頭大小，表面呈菜花樣，因繼發感染，分泌物常有難聞的臭味。好發於男性尖銳溼疣的包皮粘膜面及龜頭。巨大型尖銳溼疣實質是一個疣狀癌.病理為低度鱗狀細胞癌的改變，雖然它極少發生轉移，但損害可向深部穿透。
