一、基因診斷
迄今為止，HPV難以用傳統的病毒培養和血清學技術檢測，主要的實驗診斷技術是核酸雜交。近年來發展起來的PCR方法具有特異性、敏感性、簡單性和快速性等優點，為HPV檢測開闢了新的途徑。
二是採用過氧化物酶抗過氧化物酶法（PAP），顯示疣體內的病毒蛋白，證明疣體損害中有病毒抗原。
第三，醋酸白試驗
用3-5%的醋酸外塗疣體2-5分鐘，病變部位變白並略微隆起，肛門病變可能需要15分鐘。該試驗的原理是蛋白質與酸凝結變白的結果。人乳頭瘤病毒感染的細胞產生的角蛋白與正常未感染的上皮細胞不同，只有前者可以被醋酸脫色。醋酸白試驗檢測HPV的敏感性很高，在觀察組織學變化方面優於傳統試驗。然而，在上皮增厚或創傷性擦傷的情況下，偶爾會出現假陽性，假白斑的跡象不明確，不規則。CDC建議，醋酸白試驗不是一種特異性試驗，假陽性比較常見。
IV.組織化學檢查
取少量病變組織，用抗人乳頭瘤病毒的特異性抗體進行染色。如果病變中存在病毒抗原，則抗原-抗體組合。在過氧化物酶-抗過氧化物酶（PAP）方法中，細胞核可能被染成紅色。這種方法具有特異性，而且比較迅速，對診斷有幫助。
五、病理檢查
主要發現是角化不完全，棘層高度肥厚，乳頭狀增生，表皮突起增厚和延長，可能類似於假性上皮瘤樣增生。棘細胞和基底細胞有相當數量的核分裂，類似於癌細胞。然而，細胞的排列是有規律的，增生的上皮細胞和真皮之間的界限是清楚的。它的特點是在顆粒層和棘層的上部細胞中形成空泡。這些空泡細胞比正常的大，細胞質顏色淺，中心有一個大的、圓的、深嗜鹼性的細胞核。Bushke-loewenstein巨疣的表皮極度向下生長，取代了底層組織，很容易與鱗狀細胞混淆，所以需要多次活檢。如果病人有緩慢發展的趨勢，則是一種低度惡性過程，稱為疣狀癌。
