犬接觸細小病毒後在3-14天內出現體症，平均發病時間為5-7天。臨床症狀包括：食慾下降、沉鬱、發熱、嘔吐、腹瀉、糞便帶有犬細小病毒特有的腥臭味。成年犬(十二個月以上的犬)發病率很低，如果不是純度很高的犬或者近親交配的成年犬一般不會出現明顯症狀，僅表現為糞便帶有一定腥臭味，食慾減退，如果無加重情況可無需治療。
感染犬細小病毒後的犬，在臨床上可分為腸炎型和心肌炎型。
腸炎型：自然感染潛伏期為7天～14天，病初表現發熱，體溫可達40℃以上，精神沉鬱，不食，嘔吐。初期嘔吐物為未消化的食物以及白色泡沫(胃酸)，之後為粘液狀及黃綠色液體。發病一天以後開始腹瀉。病初糞便為稀糊狀或半成形狀，有一定的腥臭味。隨著病情發展糞便成為深綠色或黃色的果凍狀。隨後糞便呈番茄醬色或咖啡色，味腥臭，排便次數不定，有裡急後重的症狀。血便後病犬表現為眼球下陷，鼻鏡乾燥，全身無力，體重明顯下降，同時伴有眼結膜、口腔粘膜蒼白，嚴重的貧血症狀，該病如不及時治療可造成腸內容物的毒素吸收中毒，直至休克、死亡。偶有犬類出現以下情況：糞便為透明水狀物，裡面帶有血絲，帶有腥臭味，或者糞便為白色稀狀糞便。
心肌炎型：多見於40日齡左右的幼犬，病犬無明顯臨床症狀，有的突然呼吸困難，心力衰竭，短時間內死亡;有的病犬輕度腹瀉後死亡。犬細小病毒心肌炎型為犬細小病毒攻擊狗狗的心肌細胞造成的，可以在短時間內破壞狗狗的心肌細胞。繼而患犬出現氣喘、口頭粘膜和皮膚髮紺，有時突然衰竭死亡是幼犬患本病的唯一體症。耐受過的幼犬由於存在永久性心肌損傷，在感染後數週以至數月仍可死於本病。多見於幼犬，幼犬還有10%幾率出現犬細小病毒同時攻擊狗狗的腸上皮細胞和心肌細胞。
