(1) 手術拔甲：在局部麻醉下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術後一般會感覺較疼痛，由於“治標不治本”，一般不太理想，容易重新感染復發。而且心臟病、高血壓、糖尿病等的患者，不宜手術治療。
(2) 內服藥物：單純服用抗菌藥物，有一定療效，且方便。但因為這類藥必須達到真菌所寄生甲板處才能發揮抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代謝又很快，所以用藥量大，用藥時間長。另外，口服藥均有副作用，且停藥後易復發，故不宜作為灰指甲的常規治療藥物。
(3) 外用療法：一般宜選外用治療灰指甲，根據藥劑不同，主要有浸泡、局部塗藥和封包削治療方法。治療時需配合去除病甲，故一般沒有內服法方便，但卻安全、無痛苦、無副作用。只要藥劑選用得當，效果較理想。
