1.病原檢查：
⑴糞便檢查：
1)生理鹽水塗片法：適用於急性痢疾患者的膿血便或阿米巴腸炎的稀便，主要檢查活動的滋養體，但標本必須新鮮，送檢越快越好，置4℃不宜超過4～5小時。典型的阿米巴痢疾糞便為醬紅色粘液樣，有腥臭味。鏡檢可見粘液裡含很多粘集成團的紅細胞和較少的白細胞，有時可見稜形結晶(Charcot-Leyden crystal)和活動的滋養體。這些特點可與細菌性痢疾的糞便區別。
2)包囊濃集法：對慢性患者的成形糞樣，亦可用直接塗片法查找包囊期，常作碘液染色以顯示細胞核，便於鑑別診斷。但包囊檢查可用濃集法提高檢出率。常用的方法有硫酸鋅浮集聚法和汞碘醛離心沉澱法(MIFC，詳附錄)。
臨床上多見的不典型遷延型阿米巴病，常不易在糞便內找到病原體。據分析，無症狀患者或病變侷限於盲腸和升結腸者，常規溼塗片或固定染色塗片的一次檢出率不超過30%，間隔一天以上的3次送檢，陽性率可提高至60～80%，送5次者可達90%以上。
⑵人工培養：已有多種改良的培養基可供選用(見附錄)。從糞便標本分離培養蟲體的診斷常規都用有菌培養，但一般在多數亞急性或慢性病例的檢出率不高，故培養法似不宜用作常規檢查。無共生物培養需特種培養基和技術要求，宜用於研究。
⑶組織檢查：藉助乙狀結腸鏡或纖維結腸鏡直接觀察粘膜潰瘍並作活檢或刮拭物塗片的檢出率最高，約85%的痢疾患者可用此法檢出。活體標本必須取材於潰瘍邊緣，膿腔穿刺亦應取材於壁部，並注意膿液性狀特徵。
病原檢查要特別注意盛器潔淨及病人服藥和治療措施的影響。某些抗生素，殺蟲藥物，瀉劑、收斂劑，高、低滲灌腸液，鋇餐以及自身尿液汙染均可使滋養體致死而干擾病原體的檢出。
2.免疫診斷
由於阿米巴病的病原查診容易漏檢與誤診，免疫學診斷雖屬間接的輔診手段，卻具有很大的實用價值。自60年代阿米巴無共生物培養建立和特異單克隆抗體問世後，提供了溶組織內阿米巴純抗原和優質工具抗體，國內外陸續發展了多種免疫診斷方法。近年以酶聯免疫吸附試驗(ELISA)的各種改良法應用較多。大體上，特異循環抗體的檢測在肝膿腫患者的檢出率可高達95%～100%，侵襲型腸病患者85%～95%，而無症狀帶蟲者僅10%～40%，滴度視病情可不一致，但膿腫大者多為高滴度。因此血清學診斷僅對急性發病患者有較大的輔助診斷價值，血清流行病學調查中，人群抗體滴度的消長水平可提示地區發病情況。單克隆抗體和DNA探針雜交技術的應用為探測宿主血液和排洩物中的病原物質提供了特異、靈敏並能抗干擾的示蹤工具。應用單克隆抗體檢測糞便、膿液內蟲源抗原及DNA探針鑑定糞內蟲種均已見有報告。
