1.去除病因
戒菸酒，積極治療引起慢性咽炎的原發病(急性咽炎、鼻和鼻咽部慢性炎症、反流性胃食管疾病、改善工作及生活環境)。
2.生活方式改變
進行適當體育鍛煉、正常作息、清淡飲食、保持良好的心理狀態以通過增強自身整體免疫功能狀態來提高咽部黏膜局部功能狀態。
3.局部治療
(1)慢性單純性咽炎 常用複方硼砂、呋喃西林溶液等含漱，保持口腔、咽部的清潔;或含服碘喉片、薄荷喉片等治療咽部慢性炎症的喉片;中藥製劑如對慢性咽炎也有一定療效;局部可用複方碘甘油、5%的硝酸銀溶液或10%的弱蛋白銀溶液塗抹咽部，有收斂及消炎作用;超聲霧化可以緩解慢性咽炎的症狀;一般不需要抗生素治療。
(2)慢性肥厚性咽炎 治療較困難，可以參照慢性單純性咽炎。除上述方法外，還可以對咽後壁隆起的淋巴濾泡進行治療，可用化學藥物或電凝固法、冷凍或激光治療法等。化學藥物多選用 20%的硝酸銀或鉻酸溶液，燒灼肥大的淋巴濾泡。電凝固法因副作用較多，目前已很少採用，多采用激光或射頻治療儀治療咽後壁淋巴濾泡。上述處理淋巴濾泡的方法可能會增加黏膜瘢痕，有加重症狀的可能。此外，超聲霧化療法、局部紫外線照射及透熱療法，對肥厚性咽炎也有輔助作用。
(3)萎縮性及乾燥性咽炎 一般處理同慢性單純性咽炎，但不可用燒灼法。可服用或咽部局部塗抹小劑量碘劑以促進黏膜上皮分泌增加;超聲霧化治療也可減輕乾燥症狀。服用維生素A、B2、C、E，可促進咽部黏膜上皮組織增長。對於乾燥性咽炎的患者，考慮行扁桃體切除術時應慎重，以免術後病情加重。
(4)慢性變應性咽炎 避免接觸各種可能的過敏原，應用抗組胺類藥物或肥大細胞穩定劑，局部或短期內全身應用糖皮質激素及免疫調節劑等。
(5)慢性反流性咽炎 避免食用促進胃酸分泌的食物，如巧克力，辛辣刺激的食物等來減少咽喉部反流情況以減少對咽部黏膜的刺激;睡前3～4小時控制進食進水量。在慢性咽炎的一般處理基礎上可用胃酸抑制劑及胃黏膜保護劑配合治療，同時積極治療胃部疾患。
