甲型、戊型病毒性肝炎治療均不需抗病毒治療，主要以支持治療，輔以適當保肝藥物如甘草酸製劑、水飛薊素類、還原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰膽鹼等，避免飲酒、疲勞，避免使用損肝藥物。強調早期臥床休息，至症狀明顯減退，可逐步增加活動，以不感到疲勞為原則，需住院隔離治療至起病後3周、臨床症狀消失、血清總膽紅素在17.1umol/L以下，ALT在正常值2倍以下時可以出院，但出院後仍應休息1-3月，恢復工作後應定期複查半年-1年。
急性乙型肝炎的治療基本同上，至於是否進行抗病毒治療需根據患者HBVDNA及乙肝五項血清學轉換的情況來定，慢性乙型病毒性肝炎，若具備抗病毒治療的適應症，在上述保肝治療的基礎還需要進行抗病毒治療。我國2010年乙肝防治指南對乙肝抗病毒治療的適應症為：HBeAg陽性者，HBV-DNA≧105拷貝/ml(相當於20000IU/ml);HBeAg陰性者，HBV-DNA≧104拷貝/ml(相當於2000IU/ml);②ALT≧2×ULN;如用IFN治療，ALT應≦10×ULN，血清總膽紅素應﹤2×ULN;③ALT﹤2×ULN，但肝組織學顯示KnodellHAI≧4，或炎性壞死≧G2，或纖維化≧S2。對持續HBV-DNA陽性、達不到上述治療標準，但有以下情形之一者，亦應考慮給予抗病毒治療：①對ALT大於ULN且年齡﹥40歲者，也應考慮抗病毒治療;②對ALT持續正常但年齡較大者(﹥40歲)，應密切隨訪，最好進行肝組織活檢;如果肝組織學顯示KnodellHAI≧4，或炎性壞死≧G2，或纖維化≧S2，應積極給予抗病毒治療;③動態觀察發現有疾病進展的證據(如脾臟增大)者，建議行肝組織學檢查，必要時給予抗病毒治療。
乙肝抗病毒治療藥物有普通干擾素、聚乙二醇化干擾素及核苷(酸)類似物(包括拉米夫定、阿德福韋、替比夫定、恩替卡韋及替諾福韋)。干擾素類起效相對較慢，但若取得療效維持穩定的機會相對較高，療程相對較短，缺點是副作用相對較多;核苷(酸)類似物起效快、副作用小，但療程較長，停藥後復發的機會較多。所以要根據患者的具體情況選擇用藥，並根據患者治療過程中的應答情況適時調整方案來進行個體化治療。若選用核苷(酸)類似物治療中還需注意病毒耐藥變異的可能。
丙型病毒性肝炎，無論急性還是慢性，只要HCV RNA能夠檢測到就需進行抗病毒治療。標準的抗病毒治療方案是聚乙二醇化干擾素加利巴韋林，若經濟調節不允許用聚乙二醇化干擾素，也可用普通干擾素來代替，療程根據患者在治療的4周、12周及24周時的應答情況來確定(即應答直到的治療——RGT治療)。對於應答不佳的基因型為1型患者還可以考慮加用直接作用的抗病毒藥物如博賽匹韋(Boceprevir，BOC)或 特拉匹韋(Telaprevir，TVR)治療。[4]
