非淋菌性尿道炎治療時不應濫用抗生素，如絕大多數青黴素藥物對衣原體、支原體均無效，一般不應使用。磺胺對衣原體有效而對支原體均無效，鏈黴素大觀黴素對衣原體無效對支原體有效，慶大黴素、新黴素、多粘菌素對衣原體無效，只有到正規醫院找專業醫生診治才是關鍵。
1、物理療法：主要有坐浴、熱療及各種理療儀治療，他們能夠促進炎症吸收，改善血液循環，緩解症狀的作用。物理療法主要藉助於聲、電、熱、水等各種物理因素，對機體組織和致病因子發生作用，以調節機體免疫狀態，促使血循環加速以達到治療目的，只能起到一點輔助作用。
2、中藥治療：一種傳統的治療方法，通常採用中藥治療，治療的藥物應該以清熱解毒，利溼通淋為主，輔以補腎固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高機體免疫力為組方之法，避免非淋的再次復發。但是中藥治療非淋，只能緩解非淋的症狀，不能徹底的治俞，所以患者最好與其他的症狀相互配合，共同治療。
“基因療法”是目前國際上領先由世衛組織推薦治療非淋菌性尿道炎的首選療法，尤其對遷延不癒合並有併發症的和耐藥、抗藥的支原體和衣原體感染者療效顯著。該療法從基因分子生物學角度，對病變的源頭進行控制，採用高效基因抗生素，發揮離子滲透效應，使藥物分子直接快速滲透到全身血液和泌尿系統，起到破壞病毒的基因生物鏈，迅速清除病原體，從而達到治俞非淋菌性尿道炎不復發的目的。
