1.一般治療：根據呼吸道感染的隔離情況，保持室內安靜，空氣新鮮，溫度適宜，注意避免誘發患兒痙攣性咳嗽的因素，吃有營養、易消化的食物，注意補充各種維生素和鈣質。鎮靜劑可以減少因恐懼、焦慮、煩躁而誘發的咳嗽，同時保證睡眠。如果咳嗽嚴重，可使用止咳藥，如果痰液粘稠，可使用霧化吸入法。如果出現抽搐，可使用安定、複方氯丙嗪或苯巴比妥來停止休克。如果咳嗽嚴重，應該有專人守護嬰兒。如果是在醫院裡，就必須要有醫生的幫助，否則就會出現嚴重的後果，比如說，在醫院裡，就必須要有醫生的幫助，否則就會出現嚴重的後果。
2.抗菌治療：卡他期應用抗生素可以減輕甚至不發生痙攣性咳嗽，進入痙攣性咳嗽期後，應用抗生素不能縮短百日咳的臨床病程。但可縮短排異期，防止繼發感染，首選紅黴素，百日咳桿菌對紅黴素敏感，可滲透到呼吸道分泌物中達到有效濃度，劑量：每日30-50mg/kg，口服或靜脈滴注。7-14為一個療程。近年來，一些新的大環內酯類抗生素如羅紅黴素每日5-10mg/kg，分2次口服，7-10天為一個療程。阿奇黴素每天10mg/kg，分1次口服，3天為一療程。後兩者具有抗菌作用強、胃腸道反應少等優點，可酌情選用。氨苄青黴素的臨床療效較差，氯黴素雖然療效好，但偶可引起粒細胞減少。
3、併發症的治療：合併支氣管炎或肺炎時給予抗生素治療，單純肺不張時可採取體位引流、吸痰、肺部物理治療等，必要時採用支氣管鏡檢查，排除局部堵塞的分泌物。
合併腦病時，可採用複方氯丙嗪或苯巴比妥鈉抗驚厥治療。出現腦水腫時可以用20%甘露醇1克/千克靜脈注射治療，必要時可靜脈注射地塞米松。免疫球蛋白可用於腦病患兒，也可減輕痙攣和咳嗽，含高價抗毒素和特異性免疫球蛋白，劑量為15ml/kg，靜脈注射，72小時內有效。
4.中醫治療。中醫稱百日咳為 "頓咳"、"鷺咳"、"疫咳"。
循證治療法則：
（1）咳嗽初期（外感風熱）：宜祛風熱，化痰降氣。咳嗽初期（外感風熱）：宜祛風除溼，化痰下氣。秦淮河畔，有一個小村莊，那裡有一個小村莊，那裡有一個小村莊，那裡有一個小村莊，那裡有一個小村莊，那裡有一個小村莊。
（2）痙攣性咳嗽階段（痰熱閉肺）：宜清熱化痰，清肺降逆。常用的方法有：麻黃、石膏、杏仁、甘草、竹茹、半夏、陳皮、刺蝟、茯苓、桑皮、地骨皮。如汗多、熱多，重用生石膏、黃芩、知母。眼睛出血者，加青黛、白茅根、玄參。痰多粘稠者，加天竺黃、海浮石。
（3）恢復期（肺脾兩虛）：宜益氣養陰，補肺健脾。用人參、五味子湯加減：人參、白朮、茯苓、甘草、麥冬、五味子。如果氣虛為主，可加黃芪、生牡蠣。如咳嗽仍重，加當歸、紫苑、地骨皮、川貝。
5.急救措施
抽搐時可用安定、複方氯丙嗪或苯巴比妥等藥物止抽搐，痙攣性咳嗽和痰液阻塞窒息時，立即吸痰或人工輔助呼吸。
