1、石菖蒲全株有毒，尤其是其根莖的毒性最大，如果過量服用石菖蒲容易使人產生幻覺。 所以，我們在使用石菖蒲的時候，一定要注意它的安全性，不要讓它成為 "毒藥"，因為它的毒性是很強的，如果過量使用石菖蒲，很容易使人產生幻覺。
2、菖蒲的副作用，不宜過量服用，在一些古籍中也有記載，如《本草綱目》就記載到 "龍膽草、秦皮為使，惡地膽、麻黃。"日華子本草》中也記載："忌糖漿、羊肉。忌得罪鐵，人嘔吐"。在《日華子本草》中還記載了 "忌糖漿和羊肉"，"忌得罪鐵，人嘔吐"。
3、菖蒲揮發油中含有細辛醚、樟腦、菖蒲醚等，具有興奮脊髓神經的作用。服用石菖蒲中毒，一般會出現抽搐、驚厥等不良反應，外界刺激更容易誘發和加劇，最後死於強直性驚厥。而中毒後的治療和緩解方法一般是催吐、導尿、洗胃、靜脈輸液、皮下注射麻黃素等。
4、現代藥理研究證明，石菖蒲有鎮靜作用，能促進消化液的分泌，阻止胃腸的異常發酵，寒化腸管平滑肌的痙攣。但現代市場上出現了假冒偽劣產品，消費者在購買時一定要注意分辨石菖蒲的真假，假冒偽劣產品與真品不是同科植物，也不具備真品的功效，濫用假冒偽劣產品會耽誤治療，危害健康，所以切記要謹慎。
5、臨床試驗表明，石菖蒲有毒副作用。將石菖蒲揮發油注入小鼠體內，中毒表現為間歇性抽搐，待數小時後小鼠強直性抽搐死亡，說明石菖蒲揮發油的中毒主要是脊髓興奮。還有將石菖蒲水煎液注入小鼠腹腔，不久後小鼠出現中毒症狀，表現為呼吸困難、陣攣性抽搐。
