（一）全身和尿外結核狀況 腎結核患者如果全身狀況良好，尿外結核輕度穩定，則腎結核治療效果較好。如果全身情況較差，其他器官有嚴重的結核病，則腎結核的術後死亡率會明顯升高。
（二）有無膀胱結核及結核病變的嚴重程度 膀胱結核的嚴重程度對預後有很大影響。如果在膀胱受病變影響之前切除腎臟，或在早期輸尿管梗阻的情況下，患者可以完全康復，不留任何泌尿系統後遺症或惡病質。據上海中山醫院對207例腎結核腎切除術的隨訪，腎切除術前有膀胱結核性炎症的，術後1年內有68。7%的結果是滿意的，而術後1-6年的炎症已達到53.6%的情況是不滿意的。這說明結核性膀胱炎的病程與預後也有很大關係。事實上，炎症的持續時間表明炎症進入膀胱壁的深度，代表著膀胱攣縮的機會。
（三）對側腎臟的存在和功能 結核病腎切除術患者的對側腎臟狀況對預後至關重要。在應用抗結核藥物前的一組1131例腎切除病例中，對側腎臟尿液鏡檢正常者65.2%治癒，20.3%在5年內死亡；75.對側腎臟結核分枝桿菌動物接種陰性者，2%治癒，13.3%在5年內死亡；對側腎臟結核分枝桿菌尿液陽性者，21.8%治癒，41.8%在5年內死亡。應用抗結核藥物後，情況完全改變，雙側腎結核病例的死亡率在5年內由80%降至8%。
（四）治療時機和正確性 隨著抗結核藥物的不斷髮展，腎結核的治療原則發生了明顯變化，大多數病例通過藥物治療可以治癒。早期診斷和及時、明確的治療是治療腎結核的關鍵。治療措施必須根據具體情況而定，才能取得良好效果。許多學者認為，早期泌尿系統結核很少有長期使用抗結核藥物不能治癒的病例。國外對泌尿系統結核病患者進行手術治療的情況很少，甚至有人認為藥物治療可以代替手術。然而，這種觀點是不恰當的。在某些情況下，如無功能的腎臟或功能很差的一側腎臟，或一些血流不暢、閉塞的空腔，或抗結核藥物無法進入的嚴重破壞的廣泛病變，都需要進行手術治療。特別是要掌握結核性膀胱炎程度較輕，炎症時間較短的情況，對於結核性腎臟及時進行手術治療可取得滿意效果。對於腎結核晚期併發症的病例，也有必要進行手術治療。
