1、長期的飲食結構
生活習慣不好、心理壓力過大等就是卵巢囊腫的原因造成體質過度酸化，人體整體的機能下降，引起腎虛，肝腎同源，腎卵巢囊腫病理虛肝亦虛，進而引起下焦代謝循環變慢，造成卵巢疾病和內分泌失調，免疫功能下降，從而發展為卵巢組織異常增生，這些就是卵巢囊腫的原因，甚至癌變。
2、身體組織液酸化
身體細胞處於酸性體液中，進而形成身體正常細胞溶氧量下降，造成細胞的活性下降，代謝循環減慢，下降到正常值的65%時，正常細胞就無法生存，但也有不惜改變染色體採取主動變異的細胞，細胞的表型發生改變，腫瘤性狀得以表達，這些細胞迅速擴增，從而形成真正的腫瘤實體。
3、內分泌因素
卵巢較小，深藏於盆腔內，但它是產生卵子並排卵、內分泌激素、平衡內分泌的重要器官，卵巢囊腫多發生於內分泌旺盛的生育年齡，內分泌失調對囊腫形成有重要影響。比如，人們情志不舒可致月經紊亂，體內垃圾不能及時排除，堆積於卵巢形成囊腫。
4、子宮內膜異位症引起
子宮內膜異位也會波及卵巢囊腫，在卵巢內形成巧克力樣粘稠液體的囊腫。
5、環境因素
膳食結構不合理，高膽固醇飲食、而維生素A、C、E的缺乏、吸菸、電離輻射等環境因素與其發生有關。
6、性生活頻繁
性生活頻繁也是導致卵巢巧克力囊腫的重要原因，一般發病多在青春期少女或更期婦女，這與她們頻繁性生活有很大關係。
7、肥胖
在卵巢多囊症的患者中，30%～50%是肥胖女性。肥胖會加重雄激素的水平，增大患病可能，故需注意公道飲食。
8、流產過多
巧克力囊腫主要是因經期子宮壁脫落的子宮內膜碎片因引流不暢，不能全部從陰道排出，導致少量廢液經輸卵管向盆腔倒流。多次人工流產後子宮頸口粘連、宮頸口縮小引起排洩障礙，因而發生巧克力囊腫。
9、遺傳因素
據統計，20～26%的卵巢囊腫患者有家族史。
