子宮閉經，由子宮內膜對激素沒有反應或反應不足引起。它多見於子宮內膜結核（俗稱幹血癆）、子宮內膜損傷（如刮宮後子宮內膜不再生）、子宮內膜粘連和發育不良。在這類患者中，即使通過人工激素調節（人工週期），子宮內膜也不會脫落出血。
卵巢性閉經主要由卵巢疾病引起，是由於低雌激素水平不能促進子宮內膜生長，如先天性卵巢發育不良、卵巢早衰和無反應的卵巢。這些患者體內的雌激素水平較低，而促性腺激素正常或較高，對應用人工週期療法反應良好。
垂體性閉經，即與垂體功能不足有關的閉經，可見於顱骨發育不良、西爾汗綜合徵和顱骨區域放射治療後。
下丘腦性閉經可由神經系統的器質性疾病引起，如炎症、腫瘤和缺血；也可由心理因素、環境變化、系統性疾病、營養缺乏和藥物因素引起。
一些不良的月經不調和不正常的閉經會使女性的生物週期變得混亂。
