主要原因是。
1 複雜的結石，如鹿角形腎結石或多發性腎結石，這些結石體積大，數量多，有的還很硬，在保證病人安全的情況下，無法在這麼多的時間內取出，只能分多次手術取出
2 腎臟結構的複雜畸形。如以前做過腎切除手術的腎臟、馬蹄形腎臟、合併 在腎臟有大量的花萼和拉長的花萼的情況下，往往很難一次性取出結石，需要多手操作，可能需要多個 "洞"
3 術中出血 出血的原因包括病人本身的體質。腎臟是一個 "獨居 "的腎臟（一個腎臟）。"
4 尿路感染：術中發現腎臟積膿，需先排膿，分次取石；或術中出現尿毒症，需中止手術，控制感染。術後再進行二次手術取石
5 結石移位 手術中結石破碎後，部分碎片會四處移動，有時會移動到鏡子中看不到的地方，導致結石不能一次取出
6 與醫生的技術操作有關，如果醫生技術不過關，可能連打孔都不成功，或者打孔的位置選擇不當，找不到結石，或者只能找到一小部分結石。
綜上所述，一次手術取石不乾淨的原因有客觀因素：與患者自身結石情況、腎臟形態、身體狀況有關，也與外科醫生技術水平的主觀因素密切相關。客觀因素與患者自身的結石情況、腎臟形態、身體狀況有關，也與外科醫生的技術水平這一主觀因素密切相關。客觀因素是客觀存在的，往往難以改變，這就要求外科醫生不斷提高自己的技術水平，在保證病人生命安全和保護腎臟功能的前提下，儘可能多地取出結石。
