藥物流產的優點
不需要對子宮進行操作，減少了粘連和感染的機會。缺點是服藥時間長，腹痛時間長，有10%的機會流產失敗，需要切除子宮，而且術後出血時間長。
人工流產的優點
快速，出血量少，靜脈麻醉下無腹痛或術後腹痛輕微。術後出血量少。缺點是需要對子宮進行操作，與藥物流產相比，感染或粘連的機會較高。在某些情況下，如醫生技術不熟練，有子宮肌瘤，子宮極度前傾後屈時發生殘留，事後需進行第二次手術。
藥物治療和人工流產的副作用
藥物治療或人工流產都可能出現一些副作用。醫生會在流產或藥物流產前解釋並簽署一份知情同意書。
人工流產可能出現的副作用：麻醉意外心腦綜合徵 羊水栓塞 術中出血 多次感染 漏吸 吸空 殘留粘連 繼發性不孕 其他不可預知的情況。
藥物流產可能發生的情況：藥物流產過程中或流產後出血、感染、殘留剝離或整個胚胎不能排除（失敗），需要清宮，刺激不孕等不可預測的情況。
如何選擇藥流或人流
首先要認真進行門診檢查，包括血尿常規、白帶常規、婦科檢查、感染篩查、血型、凝血時間等檢查，進行全面評估。在進行藥物或人工流產之前，還要做超聲波檢查以確定是否為宮內妊娠。
藥物流產限於懷孕49天。太大或太小都容易失敗。墮胎的年齡不應超過40歲。第一次做了藥物流產的人，不應選擇再次做藥物流產。肝功能異常者不適合做人工流產。
人工流產適合於妊娠10周以內、沒有比較嚴重的疾病、子宮位置或形狀沒有比較明顯的異常的人。一些特殊情況，如子宮頸不易暴露、有子宮肌瘤、子宮瘢痕、宮頸妊娠、子宮瘢痕等，做人工流產的風險很大，需要醫生仔細評估。
在妊娠49天內的首次懷孕，沒有藥物流產的禁忌症，可以先考慮藥物流產。
