潰瘍、出血：皮損增大、增多後，可引起局部的異物和不適感。由於發病的部位多在包皮內、尿道口、陰唇、陰道內、肛周等，這些部位容易受微生物感染，導致病變部位的潰瘍、化膿、出血、疼痛和腫脹。
傳染嬰兒，影響生育質量：患尖銳溼疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引起嬰幼兒的HPV感染，這是比較嚴重的尖銳溼疣併發症。
非生殖器部位的感染：通過直接接觸或被與汙染的物品的間接接觸，可以導致眼結膜的乳頭狀瘤和口腔黏膜的乳頭狀瘤。
癌變：惡性腫瘤是尖銳溼疣最嚴重的併發症。HPV-16，18型感染後，如果治療不及時，5%~10%的外陰、宮頸、肛周溼疣經過較長時期後可出現癌變，在將來很可能導致陰莖癌、宮頸癌等惡性腫瘤。早期徹底治療是預防尖銳溼疣癌變的最有效方法。
