總的來說,預後與分期、病理類型、淋巴結轉移情況、治療方式等等有關。分期早,預後好;鱗癌稍好於腺癌;病變長度短者比長者預後好;無淋巴結轉移者比有淋巴結轉移者預後好。
食管癌術後5年生存率總體約25~40%,I、II、III、IV期大約依次為90%、50%、35% 、15%;無法手術、選擇放療5年生存率要低很多,大約10%左右;還有一組數據,食管癌無淋巴結轉移者5年生存率約50~70%,有淋巴結轉移者要低很多,不到30%。也有報道研究了169例食管癌術後,病變長度<3cm的5年生存率48%,>3cm的5年生存率28.9%。