遺傳因素鼻咽癌發病有人種、地域聚集和家族高發的傾向和特點，目前被認為是一種多基因遺傳病。鼻咽癌主要見於黃種人，少見於白種人。
EB病毒感染研究證實EB病毒與鼻咽癌關係密切。除EB病毒外，其他病毒如冠狀病毒等，也可能參與了鼻咽癌的發生發展過程。
環境因素主要可能與水質、土壤、氣候有關。東南亞地區和我國華南五省廣東、廣西、湖南、福建和江西發病率較高。有報告顯示中國鼻咽癌高發區的人群移居國外後，鼻咽癌死亡率隨遺傳代數逐漸下降。反之，長期生活於東南亞的白種人，患鼻咽癌的危險性卻有所提高。
食用鹹魚研究發現鹹魚、魚乾、廣東臘味與鼻咽癌發病率有關。這些醃製食品在製作過程中均有亞硝胺前體物亞硝酸鹽，這些物質有較強的致癌作用。
