如果囊腫較大或出現急腹症時，則必須手術;反之囊腫較小，直徑不超過5釐米，則要視情況而定。發生卵巢囊腫後，首先要弄清囊腫的性質，是生理性的還是病理性，是良性的還是惡性的。
在卵巢囊腫中比較常見的一類是瘤樣病變，其中最常見的卵巢濾泡囊腫和黃體囊腫，為生育年齡多見，一般直徑小於5釐米，壁薄，其大小與月經週期有關，通常在月經中期後逐漸長大，而在月經來潮後縮小或消失，囊腫多數在2個月內消失，可不予特殊處理。如隨訪1-2個月經週期無縮小甚至增大，則應考慮卵巢腫瘤可能，需進一步檢查。
子宮內膜異位症的病灶發生在卵巢上亦可形成囊腫，因囊腫內含有暗褐色粘糊狀陳舊血，似巧克力，故也稱卵巢巧克力囊腫，它通常表現為痛經，隨著每次月經來潮，囊腫內血液逐漸增加，囊腫逐漸增大，有時甚至破裂。卵巢巧克力囊有雖不是腫瘤，但由於有痛經亦影響生育，患者常常很痛苦，故一旦懷疑卵巢巧克力囊腫，宜儘早就醫藥物治療及手術。
