妊娠尿道感染則又有別於非妊娠者，因為除了母體之外，還有一個正在不斷髮育中的小寶貝。無論是醫生或是孕婦本人，頭腦裡必須增加一根弦，注意藥物對幼小生命的近期和遠期的影響。懼怕藥物的不良影響而有病不用藥，不行!因為感染對母子都有威脅。不考慮胎兒之承受力而單純追求殺菌，甚至濫用不適宜藥物，也不行!因為“玉石俱焚”簡直是罪過。
應遵循及時量，規則用藥的原則，根據不同病情選用相應的治療。孕婦及兒童不宜用四環素、強力黴素、喹諾酮類藥物，可選用紅黴素。如屬淋病和非淋菌性尿道炎雙重感染者，則先採用青黴素、淋必治等治療。目前對四環素、強力黴素、紅黴素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。總之，治療非淋菌性尿道炎以四環素、紅黴素族藥物為主，阿奇黴素、美滿黴素是近年來常用的治療本病的藥物，它們的療效較四環素高，有效率約 90 %以上。各地在治療本病時，均有不同的經驗。內服藥物治療時，同時應局部外用 " 潔爾陰 " 或 " 皮膚康 " 洗劑等中藥清洗，按時服藥，以免出現併發症。
重在調養。治療時要避免焦急、過多疲勞，注意充足睡眠，忌菸酒和辛辣食物。本病治療時所需的療程較長，最需要耐心。如果治療效果不佳，就要查明原因。如果是因為耐藥性造成的，則要更換另外一種藥物治療。如果性伴侶也有同樣的病，而且沒有進行治療，則療效也不好。
尿道感染的治療主藥離不了抗菌藥物，目前也無其它藥物(包括中草藥)可以取代。因此，應認識各類抗菌藥物對孕婦和胎兒的不良影響，以便趨吉避凶，確保母子平安。
