許多人認為牙齒不齊僅僅影響美觀，其實錯合畸形對患者的危害遠不止於此。錯合畸形給患者帶來很多危害，包括局部危害，心理影響和全身影響。
牙齒不齊會給口腔健康造成很多危害。很多小朋友本身就不注意口腔衛生，刷牙不認真，一天只刷一次牙，或者不刷牙。擁擠不齊的的牙齒不易自潔，而且也不易清潔。口腔衛生不良會造成齲齒多發和牙周受損。嚴重的錯合畸形還影響口腔正常功能，如發音異常，吞嚥異常和咀嚼功能低下。
嚴重的骨性畸形在患兒生長髮育過程中，影響頜面部的軟硬組織發育，造成上頜或下頜發育不足或者發育過度，從而影響顏面部美觀而對患者產生心理影響，很多患兒不敢在全班面前演講說笑，還有很多患者因此缺乏自信心，從而影響正常的學習，工作，求職和戀愛等等。
錯合畸形不但對於牙合顱面畸形有危害，還可因為咀嚼功能降低影響消化，而導致營養不良，影響全身健康。
