不育男子應作體格檢查，一般檢查包括身高、體重、兩手伸平時的指距;觀察第二性徵發育情況，例如鬍鬚、喉結、腋毛、陰毛的生長情況，有無男性乳房發育等。男性不育的體格檢查重點是泌尿生殖系統。陰莖大小、是否有尿道下裂，睪丸大小、質地軟硬度。觸摸附睪有無增厚、觸痛和囊腫。檢查輸精管及精索靜脈。必要時肛診檢查前列腺的大小、質地，並按摩出前列腺液化驗。
男性不育的檢查中最重要的一個檢查是精液檢查。精液檢查結果像一面鏡子，可以照出很多的引起不育的原因，如果檢查結果顯示精子數量、活動率及形態異常精子數等有異常，應重複檢查2～3次。如果仍不正常，說明睪丸生精功能或附性腺出了毛病。
做男性不育的檢查一定要檢查精液和血液中是否存在抗精子抗體，
近年來，進一步開展了高技術水平的檢測抗精子抗體的酶聯免疫吸附試驗，底物膜法測定精子頂體酶活性，多點曝光電子顯微鏡測定精子前向運動速度及精液解脲脲原體及沙眼衣原體檢查和血清鈣，精漿鈣和果糖含量測定等，對了解精液質量提供了更為準確的診斷依據。
