第一期：病初與一般上感咳嗽相似，患兒可伴有輕微發熱、打噴嚏、流涕等上感症狀，此時病菌在氣管、支氣管粘膜上生長繁殖，刺激呼吸道粘膜，引起呼吸道粘膜炎症，把這個階段稱做為卡他炎症期，此期歷時約1～2周。
第二期：於病程約2周起出現典型陣發性痙攣性咳嗽，表現為成串的緊接不斷的咳嗽，連續十幾聲至數十聲，作一口長吸氣，相繼出現雞鳴樣回聲，至吐出呼吸道中粘稠分泌物為止。由於咳嗽劇烈，還可見到面部浮腫、甚至發紫、兩眼鼓出、淚涕交流、眼結膜出血、舌下繫帶潰瘍等。此時“痙咳”、“回聲” ，是由於呼吸道中粘稠的分泌物刺激粘膜內神經末稍及吸氣時空氣經過痙攣的聲門所產生的。這個階段可稱做百日咳的痙咳期，此期歷時2～8周。
第三期：隨著陣發性痙咳逐漸減少或消失，氣管、支氣管粘膜上的病菌被排除與消滅，疾病進入恢復健康的階段，我們所以把這個階段叫作恢復期，此期約歷經2～3周。
