因為新生兒對乙肝病毒無免疫力，而且免疫功能尚不健全，一旦感染了乙肝病毒，則成為乙肝病毒表面攜帶者，小於1歲嬰兒感染乙肝病毒後，將有90%以上的人會變成慢性乙肝病毒表面抗原攜帶者。
省疾控中心在調查帶有乙肝病毒表面抗原陽性、e抗原陽性母親所生的嬰兒，24小時內接種乙肝疫苗者，96%以上都能達到阻斷母嬰傳播。但是在24小時之後接種者僅80%能阻斷，也就是在出生24小時以後接種乙肝疫苗的嬰兒不能阻斷乙肝母嬰傳播的風險，比24小時內接種者高5倍。因此，新生兒出生24小時內接種乙肝疫苗，越早接種效果越好。這不但是我們國家的乙肝免疫策略，也是世界衛生組織的免疫策略。
目前浙江使用的乙型肝炎疫苗屬於基因工程疫苗，製備技術是安全、成熟的，嚴重異常反應發生率非常低。除統一疫苗採供、創建規範化預防接種門診和培訓預防接種人員，浙江2005年開始建立接種疑似預防接種異常反應監測系統，目前該監測系統已經全面覆蓋全省所有的市和縣。
世界衛生組織在其他國家對乙肝疫苗的接種除了過敏以外基本沒有禁忌症，但是我國從安全角度考慮，將有急性疾病或者嚴重的慢性疾病，或者慢性疾病急性發作或者發熱時作為乙肝疫苗接種的禁忌症。在接種疫苗前，家長需配合接種人員，做好對新生兒健康狀況的問診和一般健康檢查，提供新生兒的健康狀況，包括出生時是否足月順產、出生體重多少，新生兒出生評分情況，有無先天性出生缺陷，是否現患某種疾病等等，以便接種人員正確掌握疫苗接種的禁忌證，並決定是否接種疫苗。
乙肝疫苗接種後可能會出現輕微一般反應，如在接種部位出現疼痛和觸痛，多數情況下2-3天內可自行消失;出現一過性發熱、紅腫疼痛等，一般持續1-2天后可自行緩解;接種部位硬結一般則在1-2月內可自行吸收。極為罕見的過敏性休克一般在接種後1小時內發生。
