1.體質性，如原基性侏儒症、青春發育延遲等;
2.內分泌性，如各種引起甲狀腺功能減退的疾病，垂體前葉功能減退，原發性真性性早熟、性腺發育障礙、假性甲狀旁腺功能減退症等;
3.骨骼系統疾病，如軟骨營養障礙、粘多糖病、先天性成骨不全、脊柱結核等;
4.營養代謝性疾病，如慢性寄生蟲病、吸收不良綜合症、佝僂病、抗維生素d性佝僂病、腎性佝僂病、慢性重度營養不良、糖尿病等;
5.血循環障礙和長期缺氧，如先天性心臟病、廣泛的慢性肺部疾病等;
6.原因不明的疾病，如早老症等。據國內外統計，能引起身材顯著短小的疾病不下50—60種，在各種醫療綜合症中有40多種能引起生長遲緩和身高不足。
