1.血象 血白细胞计数多正常，重症患者可升高。血沉多增快。
2.病原学检查 是确诊本病的可靠方法。临床诊断不常用。
(1)直接涂片：涂片后用Giemsa或免疫荧光单克隆抗体染色，检测肺炎衣原体包涵体及原体，方法简便，但阳性率低。
(2)组织培养法：鸡胚卵黄囊接种因检出阳性率低已少用。可用细胞培养法，取咽拭子或采集下呼吸道标本，用HEP-2细胞(喉癌细胞)或Hela229细胞培养24 h，再用肺炎衣原体特异性单克隆抗体染色，检测特异性包涵体。方法较繁杂，且较其他衣原体检出率低。
3.免疫学检查 是常用的诊断方法。
(1)直接免疫荧光法：用肺炎衣原体单克隆抗体染色，直接免疫荧光法检测肺炎衣原体抗原，方法特异敏感且快速简便。
(2)微量免疫荧光(MIF)法：检测肺炎衣原体抗体，特异性IgM滴度≥1∶16和(或)IgG≥l∶512或双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染。如IgM≤1∶16或IgG≤1∶512，则为既往感染。本方法特异性敏感性均较高，且可用于区分原发感染和再感染，是目前最常用且最敏感的血清学方法。但要排除血循环中类风湿因子的影响。
(3)补体结合抗体检测：滴度≥l∶64和(或)双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染，但不能用于早期诊断，亦不能区分为哪种衣原体感染。
4.PCR法 检测肺炎衣原体DNA，敏感性更高，且可和其他种衣原体区分，其特异性敏感性高于其他方法。据统计，PCR法检出率为50%～55%，而直接免疫荧光法及涂片法分别为24%～27%和6%～10%。用连接聚合酶链反应(LCR)检测，可进一步提高灵敏性及检出率，但尚未在临床应用。据报告，PCR-EIA 法是一种快速、简便的酶免疫测定法，能提高PCR对肺炎衣原体DNA的扩增检测效率，优于PCR法，更优于培养法。
