先天缺陷风险
试管婴儿存在先天缺陷的可能性是普通婴儿的两到四倍。试管婴儿发生先天心脏缺陷的可能性是正常婴儿的两到三倍、天生唇裂的风险是普通婴儿的两倍，先天肠胃缺陷的风险是普通婴儿的四倍。即使风险更高，但这些生理缺陷确实发生在试管婴儿身上的案例依然很少见，且还不清楚风险攀升的致因。
研究发现，试管婴儿的出生缺陷率约为9%，自然受孕婴儿的出生缺陷率约为6.6%。这两部分婴儿的眼部缺陷比例分别为0.3%和0.2%，心脏异常比例为5 %和3%，生殖系统缺陷的比例分别为1.5%和1%。研究人员表示，上述发现只是初步结果，尚未经过同行评议，其研究结果并不意味着试管受精与新生儿出生缺陷之间存在必然的因果关系。[9]
胚胎筛选争议
试管婴儿技术的初衷并非是通过胚胎筛选“设计”婴儿，达到有选择地决定胎儿的性别，肤色，携带致病基因等目的。反对者认为，完全排除掉仅仅是有可能患上乳腺癌的胚胎，有违伦理道德标准。 也有反对者认为，试管婴儿技术的发展，会让基因筛选在不久的将来愈演愈烈，最终变成从相貌、智力等方面对人类胚胎实现进行筛选，变成名副其实的设计出生的婴儿。该技术已经得到英国人类受精和胚胎管理局(Human Fertilisation and Embryology Authority，简称HFEA)颁发的牌照，可以为患者提供染色体检测筛选服务。
多胚胎几率增加
胚胎移植并不能保证种一个成一个，医生为了保证成功率，往往想多种几个。因此在试管技术中，双胞胎，乃至多胞胎的现象十分普遍。中国卫生部专门为此出台了操作规范，明确要求，有试管婴儿需求的产妇，35岁以下的，第一次胚胎移植的，只允许移植2个。35岁以上或者不是第一次移植的，最多不能超过3个。但即便是3个，也被认为过多。[10]
催生商业化代孕
1996年之前，国家对于代孕问题并没有特殊规定，1996年9月22日中国出现第一例代孕母亲生产下试管婴儿，此后不久代孕成为部分逐利者的商业契机，导致大量代孕灰色产业链产生，1997年，中国卫生部出台规定，严格禁止代孕母亲的试管生产。
