一子宫性闭经先天性阴道及或子宫缺如或发育不良均可引起原发性闭经。睾丸女性化男性假两性畸形是一种罕见的遗传性家族性疾病，由于体表形态为女性，常因无月经而来妇科就诊。性染色体核型为46，XY。过度的刮宫或严重的感染如结核等造成内膜损伤或粘连，哺乳时间过长使子宫内膜萎缩等，均可引起续发性闭经。
二卵巢性闭经因卵巢病变引起的闭经。先天性卵巢缺如或性腺发育不良Turner氏综合征，约占原发闭经者的12～20%。多由于性染色体异常所引起，主要核型为45、XO由于性染色体异常，卵巢不能正常生长和发育。因此，卵巢呈条索状纤维组织。典型的临床特征为身材矮小、蹼颈、肘关节外翻、智力低下、后发际低及第二性征不发育等。继发闭经可因卵巢功能早衰、手术切除、放射治疗后以及卵巢男性化肿瘤等。后者可伴男性化特征，如多毛及阴蒂肥大等。
三垂体性闭经发生在青春期前的垂体肿瘤可导致原发闭经。但多见于继发闭经患者。主要因垂体受损引起功能不全，较常见于产后大出血伴休克、严重的产后感染或弥漫性血管内凝血DIC时，致垂体前叶缺血坏死，随之出现功能减退、闭经，亦称席汉氏综合征。此症除影响FSH外，还可累及TSH和ACTH的分泌，因而还可出现其他相应的症状，如消瘦、消化不良、畏寒、乏力、性器官萎缩、基础代谢低及毛发脱落等。
四下丘脑性闭经下丘脑受中枢神经系统控制，过度精神紧张、忧虑、恐惧、生活环境改变，均可引起中枢神经系统与丘脑下部功能失调，出现闭经。特别是年青妇女。卵巢功能尚不健全，更易出现紊乱现象。常首先表现在排卵功能异常而出现闭经。 多囊卵巢综合征多引起月经稀发或继发闭经，由于月经失调、无排卵，体内雌激素分泌过多，可伴有不孕、多毛有肥胖等，双侧卵巢呈多囊性增大，可比正常大1～3倍，有坚韧感。卵巢包膜肥厚，皮质下出现多数发育不同程度的滤泡。子宫内膜呈不同程度的增殖状态。现多认为多囊卵巢是下丘脑-垂体功能障碍所引起的无排卵的结果，以卵泡发育并停留在各个不同阶段为结局。
五其他内分泌腺异常肾上腺、甲状腺及胰腺等功能紊乱时也可影响月经。例如：肾上腺皮质功能亢进或减退、甲状腺功能亢进或减退以及糖尿病等，都能通过丘脑下部影响垂体功能而引起闭经。
