闭经的病因十分复杂，目前医学界并没有给出明确的答案。闭经会涉及下丘脑-垂体-卵巢轴的功能性失调，甚至还会引起内分泌器官的病变，所以这种疾病在确诊前，往往会为误判为功能性失调，以致忽视了可能带来的病变。
子宫性闭经：由于子宫内膜对激素不起反应，或反应低下而引起。多见于子宫内膜，结核子宫内膜损伤(如刮宫后子宫内股不再生)，子宫内膜粘连及发育不良等，这种病人即使通过人工的激素调节(人工周期)子宫内膜也不会脱落出血。
卵巢性闭经：主要由卵巢疾病所引起，由于雌激素水平过低，不能促使子宫内膜生长，如先天性卵巢发育不良，卵巢早衰无反应卵巢等这些人体内雌激素水平低，而促性腺激素却正常或偏高可应用人工周期治疗。
垂体性闭经：闭经与垂体功能不足，有关可见于颅脑损伤席汉氏综合征颅脑部放射治疗后等。
下丘脑性闭经：问题出在下丘脑可以是神经系统器质性疾病，如炎症肿瘤缺血等造成的，也可以是精神因素环境改变全身疾病营养不良，及药物影响造成的。
引起闭经的原因非常多，但是根据病情的一些规律，以及一些常规的全身检查，往往可以确定病因。最后很据确诊后的一些问题来研究新的治疗方案，但是由于疾病类型的不同，有些闭经却要经过较长的时间才可以确诊，这样是十分影响正常生活的，所以女性朋友要时刻注意。
