非军团菌细菌性肺炎：军团菌肺炎的肺部及肺外表现，在其他细菌性肺炎中亦很常见，而细菌性肺炎的种类很多，表现形式多种多样，老年人肺炎更不典型，更为复杂，相互间误诊就不足为奇。临床上可以凭经验及早采取相应的治疗措施，要确诊就必须采用特殊的检测方法。
支原体肺炎：某些轻症军团菌肺炎，全身中毒症状轻，以干咳为突出表现，加上肺部X线表现亦与支原体肺炎很近似，易误诊为支原体肺炎。好在这两种肺炎治疗措施相同，都是以红霉素作首选，疗效均显著，一旦有了疗效，医生往往也不在探究病因的诊断，易互相误诊。
肺结核和结核性胸膜炎：临床上典型的肺结核诊断一般不难，少数病例表现为起病急，高热，全身中毒症状重，与军团菌肺炎不易鉴别。有胸腔积液的军团菌肺炎，易误诊为结核性胸膜炎，临床表现相似。近几年结核病的发病率明显增高，军团菌感染亦很普遍，互相误诊的概率增大。
以神经、心脏、消化系统为突出表现的军团菌肺炎，注意与脑部感染、心肌梗死、心肌炎、消化系统感染等疾病相鉴别，只有做一些相应的专科检查可区别出来，而当这些疾病并发了肺部感染或其他损害时，给诊断造成很大困难，易相互误诊。
病毒、霉菌、立克次体性肺炎：这些肺炎临床症状轻重不一，并发症也错综复杂，有时与军团菌肺炎很相似，都可以有呼吸系统及肺外的一系列表现，单靠经验判断很难鉴别，必须靠病原学检查确诊。
