1、细菌感染：药物流产后子宫腔内的胚囊组织多在当天排出，有的患者会碰到妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳的状况，这时候会导致阴道出血时间较长。药流后长期不规则出血可引起慢性贫血，身体抵抗力降低，容易引起细菌感染。
2、引起大出血：药物流产的不足之处在于容易导致流产不全，残余的胎膜组织会造成血崩，造成大出血，遇到这种情况时须立即入院进行刮宫清理，若得不到及时抢救会出现生命危险。
3、引发习惯性流产：由于药流的彻底性较差，流产不全可能还需要再次进行流产手术，这样会造成子宫内膜反复受损，容易发生前置胎盘，引起产前大出血或习惯性流产。
4、引起痛经的症状：药流后有些女性会引发痛经或加重症状，经期下腹部痉挛性疼痛或持续性疼痛，并伴恶心、呕吐、腰酸、乳胀、严重者甚至发生昏厥。
5、导致月经失调：抗孕药物可以影响卵泡的生长发育甚至干扰排卵。个别妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经时增多。
6、影响生育能力，导致不孕：药流易导致输卵管堵塞，宫颈粘连，造成不孕;药流对子宫和卵巢的伤害过大，也是造成不孕的原因之一。
