乳糖不耐受
牛奶中大约含有4.5%的乳糖，而它作为一种大分子双糖，还需要在小肠内被分解成葡糖糖和半乳糖这两种单糖，才能被肠壁吸收。人体需要借助乳糖酶的帮助才能分解乳糖，但很多人由于肠道内乳糖酶缺乏，无法将牛奶或是其他食物中的乳糖有效分解。没能分解的乳糖就有可能在回肠末端、结肠被细菌所发酵，进而产气，引起腹胀、排气。这就是乳糖不耐受。
乳糖不耐受较少发生在婴儿身上，而多见于成人。据报道，华人有乳糖不耐受的比例高达93%。大多数人都是只有当摄入一定量的乳糖之后才会发生不耐受的症状，只有极少数人摄入少量的乳糖就会有严重的状况出现。婴儿通常都可以正常合成乳糖酶，因而可以消化吸收母乳中的乳糖。在断母乳以后，体内乳糖酶的合成便会逐渐减少。如果因种种原因(比如秋季腹泻、)导致小肠内缺乏这种乳糖酶，就会导致继发性乳糖不耐受。
虽然婴儿很少发生乳糖不耐受的情况，但是也仍然有一些婴儿会有先天性乳糖酶缺乏的问题，在这种情况下，则需要在医生的指导下使用已经把乳糖水解为葡萄糖和半乳糖的无乳糖配方婴儿奶粉(俗称腹泻奶粉)。
牛奶过敏
牛奶过敏，更确切地说，是对牛奶中的蛋白质过敏。每100毫升牛奶中大约含有3克的蛋白质，包括酪蛋白和乳清蛋白两种。这两种蛋白质都有可能导致过敏。当免疫系统误把正常摄入的牛奶蛋白质当成入侵的敌人时，就会引发一连串的免疫反应来对抗“敌人”。结果就可能导致呕吐，腹泻，皮肤红肿，哮喘等症状。当免疫反应过于强烈的时候，救助不及时甚至可能导致死亡。
由于婴儿的免疫系统尚未成熟，因而相对于成年人，婴儿更容易对牛奶蛋白过敏。大约有3%左右的婴儿会对牛奶蛋白质过敏。而且，对牛奶蛋白质过敏的婴儿通常也会对来自于其他动物乳汁中的蛋白质过敏(比如羊奶)，个别甚至对母乳中的蛋白质也过敏。另外，除了牛奶蛋白之外，鸡蛋和花生中的蛋白质也常常是婴儿的过敏原。大多数情况下，这种过敏问题几年之后会自行消失。
对于婴儿，如果无法母乳喂养，又对牛奶蛋白质过敏，可以在医生的指导下选用氨基酸配方粉或者深度水解蛋白配方粉。
