事实上，多达7.5%的宝宝及年幼儿童对牛奶有过敏反应，其中80%的孩童在3岁前会逐渐克服过敏症状， 然而也有一些孩童会终身持续过敏。表现可从间歇性轻度腹泻至严重患者可致肠粘膜萎缩，造成营养不良。
另一方面，婴儿可能会拒绝吃奶， 甚至哭闹，严重的话会引起休克。牛奶中的某些蛋白质如α-酪蛋白和β-乳球蛋白是目前公认的过敏原。正常情况下，如果这两种蛋白质能被人体消化吸收则不会引起人体的过敏反应(即过敏原能被人体消化系统破坏)。但是，如果人体的消化能力不足，则这两种蛋白质可能以未被消化的形式进入人体，从而引起过敏反应。
正常的胃道有足够的屏障可抵御外来的蛋白质入侵，如：消化液的分解能力、完整的粘膜及粘液层的保护以及肠道分泌的免疫球蛋白来中和外来的抗原。然而婴孩的胃道发育尚未成熟，消化液泌不足，免疫球蛋白分泌极低，加上肠壁穿透性较高，因此越早接触牛奶蛋白越容易过敏。
