关于折纸的起源，至今无从考证，有中国起源说、日本起源说和西班牙起源说，莫衷一是。虽然这些说法都无外乎推测，但是中国早在西汉时期就出现了以大麻和少量苎麻纤维制造的纸张，而日本直到公元610年才由高句丽僧人昙征将造纸术献于当时摄政的圣德太子。所以不少人相信，折纸2000多年前起源于中国，再经由日本传播到全世界。 但是到底事实如何，谁都没有证据证明，所以各种说法均是推测。
但是，中国西汉时期的遗址中有纸张出土，却没有证据表明当时已经存在折纸。在日本，折纸始于平安时代(公元794年至1185年前后)的说法占主流，但是真正能够通过文献确认的最早的关于折纸的记录，是江户时代著名俳句诗人井原西鹤于1680年写下的俳句。这首俳句中提及名为“雄蝶·雌蝶”的折纸作品。在结婚仪式中，“雄蝶·雌蝶”挂在酒壶口部。
争议
不少人相信，折纸诞生在中国这片土地上。大约在西汉中期，中国人造出了最早的真正意义上的纸。由于早期的纸质量不高，而且产量也很低，显然不适合用于折叠。文献和出土文物始终并没有关于折纸的记载，所以折纸到底起源于何时已经不可考，这也成为了今天许多日本人认为折纸起源于日本的间接证据。日本最早出现纸是隋炀帝大业六年，多才多艺的高句丽高僧昙征把造纸术传到了日本，昙征本人也被日本人称为“纸神”，从那之后，折纸在日本很快兴起并且被广泛运用到了佛教礼仪当中。在公元1200年左右，日本出现了比较复杂的纸模型。当时的日本武士流行一种礼仪，交换自己的刀和一种特殊折法折出的纸花来证明友谊。纸模型并且被用于庆祝婚礼。到了室町幕府时期，纸成为廉价品，折纸开始流传到社会各个阶层，这一时期在日本的传统节日女儿节，母亲们开始折出各种纸偶用于祭祀，并且一直流行到今天。然而在日本，关于折纸文物最早的记载也是18世纪以后，江户时代的一些浮世绘作品反映了折纸在日本的情况，1797年，三重县桑名市长円寺的僧人义道一円写出了世界第一部折纸书《秘传千羽鹤折形》并将之出版。
