检测甲胎蛋白的方法有好几种，放射免疫法测得的甲胎蛋白大于500微克/升、且持续4周者，或甲胎蛋白在200～500微克/升、持续8周者，在排除其它引起甲胎蛋白增高的因素如急、慢性肝炎、肝炎后肝硬化、胚胎瘤、消化道癌症后，需再结合定位检查，如B超、CT、磁共振(MRI)和肝血管造影等即可作出诊断。不过，正常怀孕的妇女、少数肝炎和肝硬化、生殖腺恶性肿瘤等情况下甲胎蛋白也会升高，但升高的幅度不如肝癌那样高。肝硬化病人血清甲胎蛋白浓度多在25～200微克/升之间，一般在2 个月内随病情的好转而下降，多数不会超过2个月;同时伴有转氨酶升高，当转氨酶下降后甲胎蛋白也随之下降，血清甲胎蛋白浓度常与转氨酶呈平行关系。如果甲胎蛋白浓度在 500 微克/升以上，虽有转氨酶升高，但肝癌的可能性大，转氨酶下降或稳定，而甲胎蛋白上升，也应高度怀疑肝癌。
甲胎蛋白在肝癌出现症状之前的8个月就已经升高，此时大多数肝癌病人仍无明显症状，肿瘤也较小，这部分患者经过手术治疗后，预后可得到明显改善，故肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人应半年检测一次。
过去一直认为是诊断原发性肝癌的特异性肿瘤标志物，具有确立诊断、早期诊断、鉴别诊断的作用。近年大量的临床却发现，部分肝硬化病人会长期出现AFP达到上千，但多年都没有肝癌的迹象;同时发现约20%的晚期肝癌病人，直至病故前，AFP仍不超过10。
如果要想确定是否患有肝癌，还必须配合做以下检查：
1.肝功能检查：肝癌患者应作肝功能检查，多数正常，伴有肝硬化时可出现肝功能损伤，部份患者血清谷丙转氨酶高，肝癌造成肝功能损害仅见于晚期病人。
2. 甲胎蛋白(AFP)：是诊断原发性肝癌的特异性肿瘤标志物，具有确立诊断、早期诊断、鉴别诊断的作用。目前常用酶标法、酶标电泳法、放射免疫法检测。一般认为：定性法阳性或定量>400毫微克/毫升、>200毫微克/毫升，持续8周，而谷丙转氨酶(SGPT)正常，并排除妊娠和生殖腺胚胎瘤，原发性肝癌的诊断确立。特别应用在早期亚临床肝癌的诊断并及时手术可大大提高患者的存活率。对肝癌手术、化疗、中西医结合治疗、放疗等疗效及预后判断、动态测定血清甲胎蛋白有其重要的临床价值。
3.血清铁蛋白(SF)：是原发性肝癌的第二血清学标志物。
4：血清测定
(1)碱性磷酸酶(AKP )(2)r一谷氨酰转肽酶(r –GT)(3)同工酶
还有很多如：超声波检查、CT检查、核磁共振
