木质砧板的安全性与被切割的食物种类、清洗次数及方法有关;木质砧板并不适合用来剥切每一种食物，虽然它们的外表很漂亮，却可能吸收食物上的汁液，而让这些食物的渣子很容易就藏入其中，这么一来，木质砧板便会变成细菌滋生的园地。但如果你已运用了木砧板，你还是有办法让它变成安全的剥切工具。
欲使砧板不易吸收食物的汁液，首先要在木质表面抹油，但不要使用蔬菜油，因为可食用的油如玉米油、大豆油、橄榄油及油菜籽油等都会腐臭而影响食物卫生;应该使用不可食的油品，如矿物油，另一种产品叫做“砧板油”，是专为木质砧板特制的涂抹油。
每次使用砧板之后，特别是剥切过肉品，砧板必须彻底清洗干净，最起码要用很热的水加上清洁剂来洗;为了确保砧板表面无菌，可使用温和的中性杀菌剂，如加水稀释漂白剂(美国农业部USDA建议以一茶匙漂白剂溶于约0.95公升的水中)，然后再冲洗干净。
如果你只用一块木质砧板来剁切各种食物，问题会更大，所以能够的话，最好是肉类单独使用一块砧板;不管如何，您要记住：砧板脏，所处理出来的食物就不干净。所以肉类与非肉类食物要分别使用不同的砧板，并采用正确的砧板清洗步骤，这样您就能降低食物间交叉污染的可能性了。
