（a）呼吸道并发症 支气管肺炎是婴儿和儿童的常见并发症。它常常发生在痉挛性咳嗽阶段。由百日咳杆菌引起的肺部病变主要是间质性肺炎。然而，它们往往是由继发性细菌感染引起的。也有由痉挛性咳嗽引起的吸入性肺炎。这时体温可能升高。痉挛性咳嗽变得不典型。但呼吸困难。发绀。肺部的湿性附加音更加突出。如果支气管被粘液阻塞。可引起肺气肿；完全阻塞可引起无气症；如果肺泡破裂可引起气胸。纵隔气肿或皮下气肿；如果支气管粘膜和肺间质破坏。可导致以后的支气管扩张。
（b）神经系统并发症表现为百日咳脑病。这是由于脑组织缺氧造成的。充血。颅内出血。由脑细胞的损伤和细菌毒素引起。最常见于幼童。有意识障碍。惊厥等。脑脊液大多没有变化。
（三）结核病的恶化 本病可使现有的结核病恶化。甚至可能引起血源性传播。本病可引起粟粒性肺结核或结核性脑膜炎的发生。
（四）其他舌韧带溃疡，由于舌韧带被下切牙擦伤。由于剧烈咳嗽时腹压增加。可导致脐疝。腹股沟疝。直肠脱垂等。
