(1)保留生育功能手术：切净和破坏异位内膜病灶，但保留子宫、双侧或单侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于年轻有生育要求的患者，特别是采用药物治疗无效者。该术式术后复发率约40%。术后尽早妊娠或加用药物治疗有助于降低复发率。目前多数学者建议术后使用GnRHa三个疗程，月经恢复后即开始试孕。关于GnRHa的作用机理及副作用详见子宫腺肌病章节。
(2)保留卵巢功能手术：又称为半根治术，是将盆腔内病灶及子宫予以切除，保留至少一侧卵巢或部分卵巢以维持卵巢的内分泌功能。适用于年龄在45岁以下且无生育要求的重症患者。该术式术后复发率约5%。
(3)根治性手术：
1)去势手术：切除双侧附件二保留子宫的手术。双侧卵巢切除后，无激素作用，异位内膜自性萎缩退化消失。适用于近绝经期、症状明显而子宫和宫颈正常的患者，也适用于结肠、乳腺恶性肿瘤术后子宫、宫颈正常，但患有盆腔异位症而有症状的患者。此手术通常应在腹腔镜下完成，开腹手术多不考虑此术式。
2)全子宫、双附件及盆腔所有异位病灶切除术：适用于45岁以上、盆腔粘连严重的的患者。
(4)缓解疼痛的手术：可行宫骶神经切除术和骶前神经离断术，适用于有盆腔中央疼痛严重而药物治疗无效旳患者。近期疼痛缓解率较高，但复发率达50%。
