一般认为隐孢子虫病多发生在2岁或5岁以下的婴幼儿，男女间无明显差异，温暖潮湿季节发病率高，农村比城市多，沿海港口城市比内地多，经济落后、卫生状况差的地区比发达地区多，畜牧地区比非牧区多。但这些情况并非绝对，也有相反的例外报道，如在芬兰旅游者到外地受感染是主要途径，因此，该地区的成人感染多于儿童，城市高于农村。
2.传染源 隐孢子虫病人的粪便和呕吐物中含大量卵囊，多数患者在症状消退后仍有卵囊排出，可持续几天至5周，这是主要的传染源，而健康带虫者和恢复期带虫者也是重要的传染源。据Robert等最近报告，在21例免疫功能正常而无腹泻患者的十二指肠引流物中发现了隐孢子虫卵囊，可是在其粪便内查到的仅不到半数(46.7%)，说明不伴腹泻的带虫者是存在的。交叉试验证实，牛、羊、猫、犬和兔等动物的隐孢子虫卵囊亦可感染人，成为畜牧地区和农村的重要动物源性传染源。
3.传播途径 日托中心隐孢子虫病的爆发、家庭接触爆发以及护理该病的医护人员感染率高等报道提示，人际的相互接触是重要的传播途径。近三年来，英、美等国报道了水源瀑发的问题，如只有不到65000人口的西部佐治亚洲，大约13000人发生了胃肠炎，其中39%的患者粪检隐孢子虫卵囊阳性，饮用自来水者患胃肠炎的危险性高于不饮用者，危险度为3：1，在自来水中也找到了卵囊。这是一次大范围的水源瀑发。当今，用于消毒自来水的氯化物的浓度不能杀死卵囊，因此一旦水源污染，易引起爆发流行。
4.易感人群 人对隐孢子虫普遍易感。婴幼儿、艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗的病人，以及先天或后天的免疫功能低下者则更易感染隐孢子虫。大量应用多种抗生素、患水痘、麻疹和经常感冒者等均易感本虫
