(一)针对传染源
患者应及时隔离治疗。
隐孢子虫的保虫宿主包括：哺乳动物, 鸟, 鱼和爬行动物，动物间、动物与人之间可以交叉感染，如牛的隐孢子虫可以感染人。其他保虫宿主有：猪、猫、鹿、豚鼠、小鼠、大鼠、羊。幼年动物排卵囊数更多。对动物饲养场有针对性地采取消毒、隔离措施，包括动物粪便无害化处理，动物常规检疫等防治措施。
(二)针对传播途径
防止水源及食物的污染极为重要。饮用水取水口应重点保护，防止受污染，应当远离动物饲养场所。
病人与病畜的粪便应加强管理以防止粪便污染食物和饮水;卵囊在外界抵抗力强，常用的消毒剂不能将其杀死，10%福尔马林、加热65～70℃30 分钟可杀死卵囊。病人用过的肠镜等器材、便盆等，在3%漂白粉澄清液中浸泡15 分钟后再予以清洗。
(三)针对易感人群
人体志愿感染的实验中，30 个卵囊可使20%的人、100 个卵囊可使 40%的人感染， 由此推算最小感染剂量时是1个卵囊就可使人感染。加之卵囊的抵抗力强，所以，对于该病的预防措施是加强卫生宣传和管理，切实搞好环境和个人卫生。
提倡熟食，动物、水产品一定要煮熟，尤其要避免生食贝类食品，隐孢子虫卵囊在牡蛎中可生存>2月。有多次食源性隐孢子虫暴发感染是由于食品加工人员手污染了卵囊，接触食品造成人群感染。
最有效的预防措施是养成常规或经常洗手、饮用烧开水的习惯
