一个最常见的副作用是消化系统紊乱。服用鱼油胶囊后,许多人有轻微反胃和胃胀气现象。增加肠胃胀气和口中"鱼腥"味儿也是鱼油服用者中的常见现象。有时,这些症状缘于变质鱼油,所以,超过保质期的产品一定不要使用。随餐服用也是减少讨厌的鱼腥味儿的一个办法。一旦身体调整适应,服用鱼油导致的这些轻微却常犯的副作用将会降低。
服用鱼油胶囊的另一个潜在问题是增加出血的风险。因为鱼油胶囊影响血小板凝血功能,因此有人担心它们可能会对某些个体引起出血问题。这就是为什么服薄血药的人不能服用鱼油--尤其是一天超过两克。近来一些专家质疑这种风险--认为它过于理论化,但出于谨慎避免犯错总是好的。