1.配黄连：吴茱萸温中散寒，下气止痛，降逆止呕，杀虫;黄连苦寒泻火，直折上炎之火势;吴茱萸辛散温通，开郁散结，除逆止呕。二药伍用，有辛开苦降反佐之妙用，以黄连之苦寒泻肝经横逆之火，以和胃降逆，佐以吴茱萸之辛热，同类相求，引热下行，以防邪火格拒之所应，共奏清肝和胃制酸之效，以治寒热错杂诸证。
2.配党参：吴茱萸辛苦而温，芳香而燥，入肝脾胃经，有良好的暖肝开郁、温脾燥湿、除逆止痛的作用，党参具补气和中之功，二药相配应用，温中寓补，功专散寒补虚，既可暖肝，又可暖脾，用于呕逆、吞酸、胃痛、吐利。本对药目前常用于慢性胃炎、慢性肠炎、肠功能紊乱、神经性头痛、美尼尔氏证。
3.配五味子：本品辛苦大热，既能人中焦温胃暖脾、散寒燥湿，又可走下焦暖肝温肾而疗寒疝寒泻，对于肾阳亏虚、脾失温煦、不能健运所致的泄泻，用之甚宜;五味子酸温，有益肾收涩之功，与吴茱英同用，能助其止泻之效。二药配对，一偏治本，一偏治标，有较佳的温敛固涩之功，可用于脾肾两虚、五更泄泻之证。
4.配当归：吴茱萸辛苦大热，能温中散寒，燥湿止呕，疏肝止痛，还能温肝肾而暖胞宫，治疗血寒经闭、行经不畅及腹痛等;当归味甘而重，辛而气轻，补血之中又能行血。二药合用，吴茱萸温散、当归行血以助之;当归温补、吴茱萸温经以行之。相辅相助，温经治血、调经止痛功甚著。
5.配木瓜：本品辛开苦降，专走下焦，温经散寒，疏肝解郁，行气止痛;木瓜和胃化湿，舒筋活络。两药合用，一散一收，和胃化湿、舒筋活络、温中止痛效强，主治寒湿困脾、霍乱吐泻转筋，或下肢酸软无力、疝气腹痛。
