肾脏损害
约1%～3%的急性肾功能损伤是源于急性间质性肾炎。研究者认为，PPIs所致急性间质性肾炎是PPIs的类效应。自1992年第1例因奥美拉唑引起的急性间质性肾炎病例报道以来，PPIs所致的急性间质性肾炎时有报道。
国外对24例经活检确诊为肾小管间质性肾炎的病例进行分析发现，其中8例与奥美拉唑和潘托拉唑有关。对64例经活检确诊为急性间质性肾炎病例进行回顾性分析发现，有52例与PPIs相关。其中，奥美拉唑最为常见(38例)，接下来依次为艾美拉唑(5例)、雷贝拉唑(4例)、潘托拉唑(4例)、奥美拉唑加潘托拉唑(1例)。
消化系统损害
PPIs对胃肠道的反应，部分患者表现为腹痛、腹胀、腹泻、恶心、口干、消化不良、便秘等不适症状，一般不需停药，症状较轻者停药后可自行缓解。
奥美拉唑可诱发胰腺炎，其作用机制尚不清楚。
兰索拉唑可引起微观结肠炎，患者结肠炎经乙状结肠镜检查正常或轻微异常，通常经过病理检查才可确诊。患者反应的症状多为一日数次、连续多日的严重水样性腹泻，接受替硝唑、甲硝唑、氟哌酸等药物的抗腹泻治疗无效。但在停用兰索拉唑后，不经抗腹泻治疗，腹泻症状在24小时至1个月内消失。有的患者再次使用兰索拉唑后，结肠炎复发。
