诊断：在急性胆道感染和肠道炎症病例中，如突然发生脓毒性的寒战和高热，并伴有肝脏肿大和肝区疼痛者，应想到有肝脓肿可能。如患者白细胞数明显增多，X线检查发现肝脏肿大，或有液平面可见，且右侧膈肌活动受限制者，对诊断更有帮助;而B型超声检查作为首选的检查方法，其阳性诊断率可达96%以上。必要时可在B型超声定位引导下或在肝区压痛最剧处，进行肝脓肿穿刺，以确定诊断，并可进行脓液培养和药物敏感试验，作为以后药物治疗之依据。
实验室检查：细菌性肝脓肿绝大多数都有白细胞增高现象，总数可达(15～20)×109/L或更高，中性白细胞多在90%以上，有核左移现象。但在应用抗生素的情况下，白细胞也可不高或增高不明显。病情较重时，谷丙转氨酶、碱性磷酸酶多有升高，甚至血清胆红素也出现增高。病程较长者，可有贫血或低蛋白血症。肝脓肿穿刺液培养，常可培养出致病菌。
其他辅助检查：
1.X线检查X线检查可发现肝脏阴影增大，如果脓肿位于右肝叶，可观察到膈肌抬高、运动受限、肋膈角模糊或胸腔少量积液、右下肺炎症或肺不张等。有时在脓肿部位可出现气液平面，多提示脓肿由产气细菌感染所致。肝左叶的脓肿可出现胃贲门和胃小弯受压现象。膈肌运动受限、肋膈角消失、胸腔少量积液等情况时，还要考虑到有无膈下脓肿存在。
2.超声波检查可发现脓肿部位有典型的液性回声暗区或脓肿内液平面。该检查除能协助临床诊断外，还可以帮助了解脓腔的部位、大小及距体表的深度，以便确定脓肿的最佳穿刺点和进针方向与深度，或为手术引流提供入路选择。但超声对小于1cm的多发性肝脓肿，往往难以发现，临床诊断时应予注意。从超声学的角度，还需要与其他囊性病变鉴别。一般情况下，肝囊肿的囊壁整齐清晰，囊内密度均匀一致。而肝脓肿的腔壁不规则，界限不清楚，腔内常含有多个回声区。
3.CT检查CT检查可发现脓肿的大小及形态，显示脓肿在肝脏中的确切部位，为临床医师行脓肿穿刺及手术引流提供清晰、直观的影像资料。主要表现为肝内出现低密度区，CT值略高于肝囊肿，边界多数不太清晰，有时低密度区内可出现块状影。注射造影剂后其外围增强明显，边界更加清楚。增强扫描的典型表现是脓肿壁的环状增强(靶征)，出现“靶”征强力提示脓肿已形成。
4.MRI检查肝脓肿早期因水肿存在，故在MRI检查时具有长T1和T2弛豫时间特点。在T1权重像上表现为边界不清的低信号强度区，而在T2权重像上信号强度增高。当脓肿形成后，则脓肿在T1权重像上为低强度信号区;脓肿壁系炎症肉芽结缔组织，其信号强度也较低，但稍高于脓肿部;脓肿壁周围的炎症水肿肝组织形成稍低于脓肿壁环状信号强度灶。在T2权重像上，脓肿和水肿的组织信号强度增高明显，在其间存在稍低信号强度的环状脓肿壁。
5.实验性肝穿刺超声检查，确定脓肿的大小、部位以及距局部皮肤的最近距离，选择最佳穿刺点。细菌性肝脓肿与阿米巴肝脓肿两者的脓液完全不同，由于感染细菌的种类各异，脓液可呈黄色、白色、黄白色、黄绿色等。抽到脓液后，应立即送细菌培养以及厌氧菌培养，并进行药物敏感试验。同时还应将脓液做涂片染色，以大概了解是何种细菌，便于在培养出致病菌之前，早日予以治疗。
