全身各部化脓性感染，尤其腹腔内感染，可通过下述途径进入肝脏：
①胆道：据报道，约22～52%细菌性肝脓肿来自胆道炎症，包括胆石、胆囊炎、胆道蛔虫、其他原因所致胆管狭窄与阻塞等。
②门静脉：所有腹腔内、胃肠道的感染均可通过门静脉进入肝脏。过去细菌性肝脓肿最常见来源为化脓性阑尾炎，可占30～50%，近年已被胆道感染所取代。其他还有溃疡病、憩室炎、溃疡性结肠炎、大肠癌伴感染、痔核感染等。
③肝动脉：全身性或其他全身各部化脓性疾病，如败血症、化脓性骨髓炎、痈疖、亚急性细菌性心内膜炎、呼吸道感染等均可通过肝动脉进入肝脏。这种途径约占细菌性肝脓肿的10%左右。
④邻近组织器官化脓性炎症的直接蔓延：包括胆囊、右肾、溃疡病穿孔、胰腺、膈下脓肿等。
⑤其他尚有创伤、异物等所引起者，亦有来源不明者。脓液培养提示，革兰氏阴性菌多干革兰氏阳性菌，常见者为大肠杆菌、链球菌和葡萄球菌。其他如副大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、产气杆菌、伤寒杆菌、霉菌等均曾有报道。混合感染多于单一细菌感染。细菌性肝脓肿可多发或单发，以多发常见，但右肝远多左肝。机体抵抗力减弱也是本病发病的重要内因。
