绒毛穿刺可能会出现阴道出血、羊水溢出或子宫持续性收缩，约占2%的孕妇会发生这种情况。另外，绒毛穿刺术后和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率的随机对照研究，发现前者稍高，3%左右。但是，有一个随机对照实验对经腹CVS术和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率比较后发现，两者接近(6.3%与7%)。
绒毛穿刺术会导致较高几率的畸胎的发生，现已确认的发育不良(即畸胎)主要有胎儿先天性肾积水、先天性心脏病、先天性肠道畸形。
绒毛取样的危险损伤胎儿肢体的危险要高一些，若绒毛取样的诊断不明确，有必要作羊膜囊穿刺确诊。
除此之外，还有较高的机会引发胎儿后期的发育不良，目前确定的发育不良有：先天性肾积水、先天性心脏病、先天性肠道畸形等。这些不良症状往往于孕中期大排畸的时候才会被超声发现，再加上绒毛手术医院与常规产检医院往往不一致，因此很难跟踪及理清责任。
