可能会出现阴道出血、羊水溢出或子宫持续性收缩，约占2%的孕妇会发生。绒毛穿刺术后和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率的随机对照研究，发现前者稍高，3%左右4。但是，有一个随机对照实验对经腹CVS术和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率比较后发现，两者接近(6.3%与7%)
绒毛取样的危险损伤胎儿肢体的危险要高一些，若绒毛取样的诊断不明确，有必要作羊膜囊穿刺确诊。
绒毛组织活检比羊水穿刺做遗传方面的诊断一般来说早大约2个月，多在妊娠7～9周进行检查。由于绒毛组织活检在早孕期就可以做，假如结果不正常，就可以在妊娠3个月内及时地终止妊娠，此时终止妊娠也较为轻易。该操纵可经阴道也可经腹部取绒毛做检查。操纵本身，孕妇并无什么痛苦，只是个别孕妇由于操纵的刺激可能发生流产，或有时操纵引起创伤等危险，医生需要十分留意，在不断地改进操纵的情况下，这些危险会逐渐地减少。由于绒毛组织活检能较早、较方便地进行检查，结果又可靠，目前，已经运用于临床。在很多的国家及我国的很多的医院作为常用的产前诊断的一种手段。
