总的来讲，IVF技术是安全的，但可能会出现一些并发症。
1.卵巢过度刺激综合征(OHSS)由于多个卵泡生长，导致体内一些因子发生改变，使得血管内液体漏到腹腔，甚至胸腔内，引起胸腹水。发生率约为10%。多数人症状较轻，表现为腹胀、腹部不适、轻度恶心，可以不予处理;但少数人会出现严重腹胀、少尿、腹痛、纳差，甚至出现胸闷、气短等症状，此时需要给予静脉补液，甚至收入院治疗。不足1%的人可能发生血栓或肾功能衰竭。
2.取卵造成的副损伤①膀胱损伤，患者可以出现血尿，通常通过留置尿管，进行膀胱冲洗，可以达到止血的目的。②偶尔会穿刺到肠管或盆腔内血管。③卵巢出血：少数情况下被穿刺的卵巢会持续出血，有时甚至需要开腹止血。④盆腔感染
3.卵巢扭转由于促排卵治疗导致多个卵泡生长，或取卵后形成多个黄体囊肿，使卵巢明显增大，此时当妇女活动过度或改变姿势过于迅速时，会导致卵巢扭转。患者会出现突发的剧烈腹痛，可伴有恶心、呕吐，如果扭转的卵巢不能及时复位，可能需要手术治疗，严重时需手术切除坏死的卵巢。
4.多胎妊娠由于移植多个胚胎到子宫，因此IVF技术导致的多胎妊娠率显著高于自然妊娠，约为25～30%左右。多胎妊娠晚期流产和早产的风险显著高于单胎妊娠，母亲患妊娠期糖尿病、妊娠期高血压疾病、发生难产和产后出血的风险显著增加。因此，多胎妊娠对母儿都不利。目前许多IVF中心为降低多胎妊娠率，开始减少移植胚胎数，或进行单胚胎移植。对于三胎或三胎以上妊娠者，必须进行减胎，而对于双胎妊娠者，建议患者减胎。
5.宫外孕一般人群宫外孕的发生率为1%～2.5%。虽然IVF是将胚胎移植到子宫内，但由于输卵管趋化因子对胚胎的影响，胚胎会游走到输卵管内，在输卵管内着床、发育，造成宫外孕。有时胚胎还会种植在宫颈等部位。因此，接受IVF治疗并不能防止宫外孕的发生，相反，接受IVF治疗的妇女宫外孕的发生率高于一般人群，为2%～4%。经IVF技术产生的后代的安全性。
